А вы как представляете его работу? Это не ФАПЧ, когда отслеживается частота определённого генератора, и к этой частоте сгоняется частота ГУНа. Здесь сам принцип основан на том, что петля подстройки частоты очень инерционна. И когда вы перестраиваетесь по частоте, импульсы подстройки практически не влияют на перестройку. В момент окончания настройки, ЦАПЧ "цепляется" за цифру самого младшего разряда, и старается удержать её неизменной. Назначение ЦАПЧ нейтрализовать нестабильность частоты ГПД. Которая обычно и так не слишком велика. Поэтому иногда может быть выбран режим, когда ЦАПЧ не успевает отслеживать первичный выбег частоты при включении и прогреве ГПД, и начинает эффективно работать только через 5-10-15 минут после включения трансивера. И перестройка по частоте у ЦАПЧ обычно не велика. Это ГУНы перестраиваемые ФАПЧ, должны перекрывать весь диапазон работы трансивера на выбранном диапазоне. А ЦАПЧ только должна поддерживать какую то цифру младшего разряда. И то что вы считаете за неисправность, по факту и является признаком нормальной работы. Выбрана цифра 3, при 4 или 5 появятся соответствующие импульсы стабилизации. Следующая будет 6, при 5 или 7 на выходе, опять импульсы возвращающие к 6. Соответственно, появляется какой то определённый шаг, как и у синтезатора, точек в которых идёт стабилизация. Может быть выбрана и чуть отличная логика работы. Например шаг стабильной частоты 100 Гц, и стабилизация на цифре 5 счётчика десятков Гц. А судя по вашему описанию, стабилизация частоты всё же происходит, и именно на определённых цифрах младшего разряда. Просто не устраивает шаг стабильных частот?