По замерам получается этот выброс - полный период сигнала в 50 МГц. Похоже на паразитный звон выходной цепи. Подключение конденсатора 100 пФ между коллектором и эмиттером VT3 помогает. Можно сказать проблема решена - дело в монтаже и соплях на макете.
Имеет смысл менять транзистор VT2 на более мощный если выходной каскад будет двухтактным? Часто встречаю что двухтактник раскачивают однотактным каскадом на таком же транзисторе как и оконечные. В свою очередь если VT2 заменить на КТ646 не перегрузит ли это 555ТМ2? КТ646 более тупые чем 3904...