Для Вашей платы Ардуино, посмотрите скорость порта. Я шью через загрузчик Ардуино из среды WinAVR. Если скорость не соответствует плате, тогда не шьет. Кроме того, от UARTA надо сигнал сброса подать, то есть кроме TXD и RXD нужен еще DTR. В первых версиях (а у меня был первый самодельный на Atmega8) была кнопка сброса. Поменял контроллер на 328, прошил новый загрузчик от Ардуино Duemilanove. Попробовал кнопкой сбросить и прошить, ничего не получилось, пришлось навесным проводочком подать DTR.
Но, для про мини, последнее, скорее всего не нужно..