Владимир, GD!
Версии аврдуде как минимум после 2010 знают протокол ардуиновского загрузчика и при соответствующем запуске будут грузить произвольный хекс в кристалл через сом-порт, используя протокол ардуины.
Если использовать другие протоколы(авр910, разные виды стк500, житаги) то бутлоадер должен работать по выбранному протоколу, но и соответствующий программатор должен быть указан в командной строке.
В частности кастрированный протокол авр910 (используется аврпрог) из немецкого бутлоадера влазит в 512 байт, имея функции чтения/записи программной памяти и еепром, запуска по команде нажатия произвольной ноги, индикации режима программирования на произвольной ноге через светик.
Чего еще надо для обновления прошивки?
Начинать попытки работы лучше из бат-файла, модифицируя там командную строку в режиме чтения кристалла.
Описание конфигурации программатора для работы с ардуиновским загрузчиком сидит в конфигурационном файле *.conf, который обычно находится рядом с екзешником аврдуде.
Запишите в папку bin winavr'а работающую с ардуиной версию аврдуде с конфигом и будет работать.
Конфигурационный файл - обычный текстовой и его можно скорректировать и положить в любом месте, но тогда путь к нему с ключом -C надо указывать явно в строке запуска.
После отладки строки запуска аврдуде можно ее включить в маке файл, а в конфигурации winavr-проекта в авр студии указать галочку "внешний маке файл" и указать путь на этот файл.
При этом следует учитывать то, что скомпиленные хексы прошивки и еепром по умолчанию окажутся в том же месте, где сидит маке.
После этого автоматом после нажатия F7 на компиляцию в аврстудии, при условии успешной компиляции, новая прошивка зальется в кристалл.
Т.е. то, чего Вы хотите - нажатие одной кнопки. Чем и нравятся мне консольные вещи - разобрался один раз, настроил работу и не лазишь мышью по разным менюшкам, при постоянной отладке это донимает прилично.