Если у этого программатора есть данная Atmega в списке devices (а я думаю, что она там есть), то конечно можно. Но для этого нужно извлечь (выпаять) Atmeg-у из платы синтезатора. Кроме того, если Atmega не в DIP корпусе, то еще дополнительно нужен заточенный под неё адаптер.
Проще перепрограммировать контроллер (конечно, если он случайно не залочен) непосредственно в схеме, т.е. не выпаивая. Программатор очень простой, подключаеться к COM порту компьютера, схемку поищу. Для программирования можно использовать, например Poni Prog.