Разумеется, имеется в виду полное сопротивление всей схемы, включая резисторы. Так, при подключении транса 1:1 к допустим дифференциальному входу микросхемы 2*50 Ом, следует установить дополнительные резисторы 2*50 Ом для согласования, тогда сопротивление по первичной обмотке будет именно 50 Ом.