Да зачем вырезать то?
Включил заливку и трассируйте с нужным зазором между отверстиями . А вот потом уже не нужное можно удалить.
Контур платы обязательно должен быть. Если нужно например убрать уголок (сделать вырез угла) то так и вырисовываем контуром . В том месте пишем так же контурным слоем "cut out".
В нутри отверстия и проемы так же рисуются на слое "К " или как в некоторых версиях программы слоем "О".
И главное не забывайте что контур(ы) должен быть замкнутым(и).