Я почему спросил. То что Вы описали, выглядит как будто включен делитель на 8( Включить внутренний делитель на 8 (CLKDIV8). Попробуйте перепрошить заново.
Что касается второго вопроса, то вариант с опорником, в меню нужно устанавливать частоту опорного генератора.