В поисках опорного генератора со стабилизацией по GPS нашел дешевое готовое решение
U-Blox NEO-7, стоимость на EBay $14
pin 3 - выход Timepulse. На плате уже подключен к светодиоду через резистор
Для конфигурирования частоты нужно:
1. Подключить приемник к питанию и переходнику USB-COM(TTL)
2. Скачать, установить, запустить программу U-Center
View->View Configuration->TP5
Интересующие нас поля - Freq Locked/Duty Locked.
Сохранить изменения в EEPROM можно в секции CFG.