То, что вы делаете - это загрузка прямо в FPGA. Рядом с ней стоит микросхема памяти с SPI интерфейсом. чтобы залить в нее, есть два варианта - или перевести программатор в режим ACTIVE SERIAL и прошить эту микросхему (если соответствующие провода выведены на разъем программатора) или создать JIC файл и прошить её сквозь FPGA.
Сама FPGA не содержит в себе энергонезависимой памяти.
ГУгль в помощь.
ps: начиная с середины седьмой страницы тут:
https://www.altera.com/support/suppo...32010_126.html