полагаться на время от процессора нельзя - будет плыть, плюс сильный джиттер.
АЦП нужно тактировать отдельным выскоточным источником частоты с низким фазовым шумом.
А писать данные из АЦП в память нужно в обход процессора - с помощью плис.
Это позволит сохранить стабильность частоты и избежать джиттера при тактировании.
Задача процессора - задавать частоту сэмплирования, управлять запуском, обрабатывать записанные в память выборки и рисовать осциллограммы.