Сквозное проектирование предусмотрено для того чтобы схема плате соответствовала ) да еще в модель сборки попала без ошибок. ТС могу посоветовать еще развести пару десятков плат и привыкнуть и использовать горячие клавиши. А насчет закидонов так вам в AD. Там много прелестей возможностей. Работаю в EAGLE начиная еще с версии 4.11 и все еще нахожу в нем новые фичи. Думаю что до уровня AD он дорастет за пару лет с помощью Autodesk. Только это уже будет не EAGLE, а монстрик похожий на AD в котором все прелести за деньги.
по теме: полигоны рисуете с установкой иерархии и заканчивая контур просто набираете например GND - все это полигон GND.
площадки в виде VIA берете ставите и даете им имя проводника и все он подконнектится. Их можно командой Copy истыкать вcю плату например GNDA.