В модуле FPGA что применяю я (его на форуме порекомендовал Василий), питание Альтеры организовано несколько иначе, там стоят 3 стабилизатора, 3,3, 2,5 и 1,2 Вольта, все тепло перераспределяется между ними и то, тепловой режим платы достаточно жесткий. Что бы немного снизить нагрев (и это сильно помогло), я в цепь питания 5 Вольт на кросс-плате поставил последовательно кремниевый диод на котором падает 0,8 Вольт, получившегося напряжения 4,2 Вольт вполне хватает для питания, т.к. микросхема стабилизатора 3,3 с малым падением напряжения. При этом нагрев платы значительно уменьшился.
Юрий.