Окно это такая же функция времени как и наш сигнал. Спектр ее также вычисляется через преобразование Фурье.
Когда вы делаете преобразование Фурье, то для каждой из мыслимых частот бесконечной в обе стороны оси частот вы мысленно вычисляете взаимную энергию анализируемого сигнала и комплексной экспоненты каждой из этих частот. Если ваш сигнал - есть бесконечная косинусоида с частотой омега ноль, то результат вычисления этой взаимной энергии будет тождественно равен нулю для всего этого бесконечного множества частот кроме всего только двух частот. Омеги ноль и минус омеги ноль. Поэтому спектр косинуса и представляется теоретически в виде двух дельта функций бесконечно малой ширины.
В реальном аналоговом спектроанализаторе эти вычисления взаимных энергий выполняются не мысленно, а в натуре - одновременно во множестве параллельных частотных каналах анализа.