Если бы у меня был такой выбор как у ТС, то, наверное, выбрал бы последовательно 2х24V 20A. Хотя оба варианта, что последовательно, что параллельно, реализуемы.
А вообще, я бы сперва измерил внутренние сопротивления источников, и затем посчитал бы, в каком варианте общее Ri будет наименьшим. Тот вариант и выбрал бы.
Если Ri у 48V 11А будут разные, то при параллельном соединении один источник будет перегружен. Поэтому и отдаю небольшое предпочтение последовательному включению.