На мой взгляд, это даже лучше, - виднее неравномерность. Как я понимаю, так будет проще найти правильное согласование кварцевого фильтра.
PS
Идею освободить третий выход Si5351 поддерживаю, если двухпортовость и не получится (но, хорошо бы, чтобы получилась), то, хотя бы, снизится шум на основных двух выходах.