подобная девиация показаний вызвана не только прогревом генератора, но и самого частотомера. когда я калибровал свой частотомер на основе fc250, то "прогревал" генератор (от телефона нокиа 3310, завёрнутый в поролон) 30 минут. только следует обеспечить термостатирование опорного генератора самого частотомера. я спаял небольшой термостат, результатами весьма доволен.
по поводу перескоков. попробуйте поставить другой кварц в опорник, посмотрите, появится ли глюк