Что Вы называете макросом? В диптрейсе есть понятия - компонент, это то, что отображается в схеме, и, корпус, то, что отображается на плате. Если у Вас есть этот конденсатор в библиотеке, Вы можете просто откорректировать его для схемы - убрать ненужные выводы. То же самое можно проделать и с корпусом этого конденсатора. Для этого надо перенести в свою библиотеку (в стандартной библиотеке программы изменять компоненты и корпуса нельзя) зайти в редактор компонентов или корпусов и там откорректировать.
Но, можно этого и не делать. Например, некоторы катушки, имеют по пять выводов.. На схеме я соединяю только два, ну еще иногда - землю. При преобразовании в плату, программа немного возмутится, что некоторые выводы не соединены. Ну и ничего страшного, не обращайте внимания..